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Fiat Panda Hydrogen è stata costruita sulla base telaistica della coeva "Panda 4x4" di normale produzione e come tale si presenta esteticamente, mentre le differenze tecniche rispetto al modello di serie sono enormi.
Dal punto di vista tecnico è la naturale erede delle due concept-car "Seicento H2", realizzate nel 2001 e nel 2003.
Il prototipo è mosso da un motore elettrico alimentato dalla corrente prodotta da celle a combustibile (fuel cell) di tipo "PEM" (acronimo di Proton Exchange Membrane, ovvero membrana a scambio di protoni) ancorate al pianale. In dette fuel cell vengono immessi idrogeno e ossigeno che, combinandosi, generano energia elettrica e producono acqua come prodotto di scarico.
L'idrogeno viene attinto da un serbatoio posto della parte posteriore del veicolo in luogo del normale serbatoio di benzina, mentre l'aria viene insufflata da un compressore, situato nel vano motore, che l'attinge dall'esterno.
L'energia elettrica è inviata all'apparato elettronico di potenza che la trasmette al motore, mentre l'acqua prodotta viene espulsa da un tubo di scarico fuoriuscente all'altezza del pianale.